Pel que fa als departaments, les seccions tenen 4 departaments. Jo he trobat a faltar al llarg d'estos anys un cinqué departament, el d'orientació, però no com a equip d'orientació, sinò formant part de la cocope, on s'avaluen i gestionen moltes de les inciatives desenvolupades per l'orientació del centre, com el PAT, el pla d'atenció a la diversitat etc. Resulta necessari que l'orientadora del centre estiga a les cocopes perquè es treballen molts aspectes organitzatius, de funcionament i padogògics on la seua contribució és important. Les cocopes haurien e comptar amb estos professionals.

Un vicesecretari/a a una secció fa exàctament totes les funcions imputables a un secretari/a en un institut ordinari, segons s'especifica a l'apartat seté de l'ordre de 31 de juliol de 1998. Sembla ridícul que els vicesecretaris/as que haurien d'anomenar-se Secretaris/ries, no puguen visar i expedir certificats i s'haja d'anar al l' institut de secundària a fer estes tasques, quan a l' institut ni ens coneixen en molts casos. Se dona la circumstància de què a vegades el trasllat de les famílies als instituts de secundària des de les seccions no és fàcil, i genera problemes a les famílies.